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蛋白质序列查询-蛋白序列编号是啥

蛋白质工程 4个月前 (05-24) 44

文章阐述了关于蛋白质序列查询，以及蛋白序列编号是啥的信息，欢迎批评指正。

文章信息一览：

1、请教:怎么用NCBI查询新城疫病毒F基因的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸...
2、常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些?
3、请问,已知蛋白序列的GI号,怎样在NCBI中查找对应蛋白的序列啊?
4、如何用NCBI查询一种蛋白质的分子量

请教:怎么用NCBI查询新城疫病毒F基因的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸...

1、首先打开NCBI网站首页，然后在search一栏中选择nucleotide，在框中输入你要的基因序列名称，点击search就行。然后会出来很多结果，因为很多基因是同名的，或是一个基因在不同种属中不一样，寻找你要的基因序列就行了。

2、直接把这个基因进行查询，在不同的模块下就有不同的信息：比如在Gene数据库就会显示geneID，染色***置信息等。在Nucleotido中就可查到对应的核苷酸序列。其实你任意点进去一个，在仔细找里面的链接也OK。

（图片来源网络，侵删）

3、选择“gene”，输入“基因名”，点击”search“，点击“基因名“，页面拉到”NCBI Reference Sequences （RefSeq）“，点击”genbank“，即可得。

4、打开NCBI 百度搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。关键字查找以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。既然要下载基因序列，需要在栏目内找到“Nucleotide”（核苷酸），搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”，点击“search”。

5、当已知基因名或ID时，可通过NCBI搜索基因序列。首先登陆NCBI***，在下拉菜单选择gene，搜索基因名或ID。NCBI： https：// 这里选取一个调节根系发育的基因AT5G61350进行示例。

（图片来源网络，侵删）

常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些?

而当涉及到蛋白质结构的预测时，PDB：三维结构的宝库/起着关键作用。PDB是蛋白质结构的权威数据库，它收纳了超过170，000个结构，涵盖蛋白质、核酸、小分子和复合物。研究人员可以利用PDB进行实时的结构预测，探寻蛋白质的内在结构与功能关联，甚至为药物设计提供潜在靶点。

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。DDBJ的数据库不仅包含了日本本土的数据，还包含了来自全球各地的数据，其中包括许多重要的科研成果。

与TrEMBL类似，GenPept是由GenBank翻译得到的蛋白质序列。由于TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通过计算机程序翻译生成，这两个数据库中的序列错误率较大，均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D[Namboodiri， 1990]。

MMDB（Molecular Modeling Database）数据库正是一个***蛋白质数据库，它整合了多个来源的蛋白质序列、结构、功能以及其他相关信息，为用户提供了一个统一的、易于查询和分析的数据平台。通过MMDB，研究者可以获取到丰富的蛋白质结构和功能信息，从而更深入地理解蛋白质在生命活动中的作用和机制。

请问,已知蛋白序列的GI号,怎样在NCBI中查找对应蛋白的序列啊?

1、因此，利用GI在NCBI中查询时，你只要把数据库（蛋白质/核苷酸）选对，只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来。值得一提的是登录号（Accession Number）。每一个递交的序列，除了获得一个GI号，还会被赋予一个登录号。递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善。

2、首先打开NCBI网站首页，然后在search一栏中选择nucleotide，在框中输入你要的基因序列名称，点击search就行。然后会出来很多结果，因为很多基因是同名的，或是一个基因在不同种属中不一样，寻找你要的基因序列就行了。

3、进入NCBI 主页：http：// 在 search 后面选择 Gene，在 for 后面填写需要查找的基因的名字找到“NCBI Reference Sequences （RefSeq）”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。

如何用NCBI查询一种蛋白质的分子量

1、NCBI上可以查分子量，还有其它的方也可以查。我推荐几个吧：Genecards： gentlas：genatlas.medecine.univ-parisfr Uniprot：http：// 如果不够用，你联系我我帮你查吧。

2、或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平。人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-protein BLAST （blastp）；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质。

3、要根据碱基序列分析出表达出蛋白质大小可以粗略分析用碱基数除以3就是目的蛋白的氨基酸数，用氨基酸数乘以110就是目的蛋白的分子量，然后加上融合蛋白标签的分子量就是最后表达的融合蛋白加目的蛋白的总分子量。

4、在Database搜索栏***用“种名+蛋白名称”的方式进行搜索，在这里你需要输入的内容是“Homo sapiens LECAM-1”，出现的结果中会有“Protein”以及“Unigene”，这就是你需要的结果。

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