string生物信息-生物信息常用r包

本篇文章给大家分享string生物信息，以及生物信息常用r包对应的知识点，希望对各位有所帮助。

文章信息一览：

• 1、STRING数据库在网络药理学研究中的应用详解
• 2、STRING科普贴:蛋白互作网络构建
• 3、蛋白质相互作用网络分析服务
• 4、简单了解蛋白质互作网络(PPI)

STRING数据库在网络药理学研究中的应用详解

首先，STRING有助于处理大量蛋白信息。例如，中药研究中，可通过将TCMSP数据库的蛋白名称转化为基因符号，便于后续网络构建。只需粘贴蛋白名称，选择目标物种，STRING将提供批量转化功能。在TargetNet平台预测中，非人源蛋白的识别也是一个实用场景。

STRING数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索多个基因，结果可信度较高。GENEMANIA数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索一个或多个基因，包含实验验证和基因共表达数据预测结果。IntAct数据库：蛋白质相互作用关系数据，一次可检索多个基因，整合多个数据库，但可信度有所降低。

基因数减少可能由于设置的交互分数卡值，STRING数据库提供补充信息。 化合物中的复合基因如CHRNA3 CHRNB4，一般需要分开处理，但可能对应同一蛋白时可合并。 Swisstargetprediction的成分对应靶点无需在Uniprot校准，但可自行检测校准。

数据库还提供多种功能，如实验支持、数据库来源、文献挖掘以及蛋白共表达信息，用户可以根据需要进行查看。以检索SOX2基因为例，点击搜索后可以展示SOX2基因相关蛋白交互网络。

以及疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、在线韦恩图（Venny）、蛋白质互作平台数据库（STRING）、生物学信息注释数据库（DAVID）、在线云平台（微生信）以及网络拓扑属性分析软件Cytoscape等。通过这些工具和流程，网络药理学能够实现对中药及其作用机制的深入研究，为中药的临床应用提供科学依据。

STRING科普贴:蛋白互作网络构建

1、STRING数据库（string-db.org/）是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库，提供实验数据、文本挖掘结果、综合其他数据库数据以及生物信息学预测结果。目前更新到Version 10b，应用范围覆盖2090个物种，包含24，584，628种蛋白和3，123，056，667个蛋白质之间的相互作用。数据库更新中，继续增长。

2、转录组分析关键步骤与工具转录组分析主要包括基因表达、差异表达分析、基因功能富集、转录因子作用、蛋白互作网络构建、基因调控网络推断、免疫浸润细胞分析、基因集变异分析等关键步骤。

蛋白质相互作用网络分析服务

STRING数据库收录了大量物种的蛋白质-蛋白质互作信息，包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果，可以构建差异表达蛋白互作网络，进一步分析差异蛋白的相互作用关系。数据库不仅包含实验数据、文本挖掘和综合其他数据库的数据，还利用生物信息学预测了大量蛋白互作关系。

首先，使用在线数据库String 10进行分析。该数据库包含大量物种的蛋白质与相互作用信息，通过名称搜索可以获取特定蛋白的互作网络。点击节点查看具体信息，使用功能富集分析了解蛋白功能。对于差异蛋白的互作网络分析，选择查询多个蛋白质并导入分析。

通过STRING数据库，研究人员能够获取丰富且详细的蛋白质相互作用信息，支持功能发现和基因组实验数据的分析。参考文献：Szklarczyk D等，STRING v11：蛋白质-蛋白质关联网络覆盖更广泛，支持功能发现于全基因组实验数据集。《核酸研究》2019年1月8日。

STRING网站提供蛋白质互作网络图制作服务，适合输入多个蛋白进行分析。首先，输入基因列表并选择对应物种后，点击搜索按钮。对于大量差异基因表，网络复杂度高，建议调整参数以优化结果。通常，调整最小所需交互分数至highconfidence或highestconfidence，并隐藏不连接的节点。选择更新后生成符合需求的网络图。

STRING数据库是一个广泛收集和分析蛋白质间相互作用信息的资源。该数据库涵盖了2031个物种，包括960万种蛋白质和1380万对蛋白质的相互作用数据。STRING数据库不仅整合了实验数据、PubMed摘要文本挖掘结果和多种其他数据库的数据，还运用生物信息学方法预测潜在的相互作用。

Cytoscape软件自带详细的操作指南，用户可以根据需要进行深入学习和实践。PPI分析作为科学探索的重要工具，对于理解基因表达、信号传导、代谢途径等生物学过程具有重要意义。通过系统地研究蛋白质间的相互作用，科学家们能够揭示生物系统内部的复杂网络结构和功能关系，为疾病机制的研究和药物开发提供理论基础。

简单了解蛋白质互作网络(PPI)

蛋白质互作网络（PPI）是生物系统中蛋白质相互作用的结构化表示。这些网络在生物信号传递、基因表达调节、能量与物质代谢以及细胞周期调控等生命活动中发挥关键作用。深入了解PPI对于揭示生物系统内蛋白质功能原理、理解疾病状态下生物信号和能量物质代谢机制以及探索蛋白质间功能联系具有重要意义。

深入剖析PPI，是我们理解生物系统运行机制的关键，特别是它在疾病状态下，如何影响生物信号和物质代谢的关键节点，以及揭示蛋白之间功能关联的窗口。

蛋白质互作网络（PPI）是指蛋白质通过相互作用参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的网络结构。研究PPI网络对理解生物系统中蛋白质的工作原理，解释疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及揭示蛋白之间的功能联系具有重要意义。

关于string生物信息，以及生物信息常用r包的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。