全蛋白质组测序-蛋白质组测序原理与基因组测序的区别
文章信息一览：
- 1、测序相关知识总结
- 2、全基因组测序分析
- 3、蛋白质组学的研究技术
测序相关知识总结
对于哺乳动物基因组重测序、外显子测序，我们保证数据质量是Q30的比例高于80%。对于mRNA测序，***RNA测序，我们保证对照Lane的数据质量是Q30的比例高于80%。 一般情况下： 哺乳动物基因组重测序、外显子测序，GC比例在40%左右，Q30的比例是80~95%； RNA-seq，GC比例在50%左右，Q30的比例是~80%。
de novo 测序（从头测序） ：是指在没有任何参考基因组序列时对植物基因组进行测序和组装。 全基因组重测序 ：全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。
Read length 读长：单个测序reads的长度，short-read RNA测序得到的长度通常是50-150 bp。Sensitivity 敏感性：样本中多大比例的转录本会被测到，敏感性越高，这一比例越高。它受样本处理、文库制备、测序和计算偏好性的影响。
全基因组测序分析
1、富集分析（KO）样品要求样品***集：样品***集条件的一致是最为重要的环节，严格按照***样标准***样，***样后立即封存样品冷冻保存。还有一段距离，因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在测序的起始端总会有一些碱基无法准确读出，因此，您如果想得到您的pcr产物的完整序列，最好克隆后进行测序。
2、全基因组测序（WGS）作为DNA重测序的“黄金标准”，其覆盖范围广泛，能深入编码和非编码区域，包括寻找SNV、插入缺失、结构变异和拷贝数变异。相比之下，靶向重测序方法如WES，虽然经济高效，但只能聚焦于蛋白质编码基因，舍弃了调控区域的探索，如启动子和增强子。
3、．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。
4、首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。 其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。
蛋白质组学的研究技术
1、目前蛋白质组学研究在表达蛋白质组学方面研究的最为广泛，其分析通常有三个步骤：第一步、运用2-DE技术分离样品中的蛋白质；第二步、应用质谱技术或N末端测序鉴定2-DE分离的蛋白质；第三步、应用生物信息学技术存储、处理、比较获得的数据。
2、蛋白质组学研究的基础技术主要包括以下两个方面：二维电泳 （2-DE）：二维电泳是一个用于分离蛋白质的技术，其中第一维度是按照蛋白质的等电点分离，而第二维度是按照蛋白质的分子量分离。通过这种方法，可以得到蛋白质的二维图谱，每一个点代表一个或几个蛋白质。
3、蛋白质组学三大基本技术有：质谱技术、SDS-PAGE 技术、免疫淋巴细胞技术。质谱技术：质谱技术是蛋白质组学中最常用的和最基本的技术，它可以检测和识别各种生物样品中的蛋白质和其他大分子有机物，从而可以提高研究的准确性，特别是在研究动态蛋白信号转导及表观遗传因子的时候，质谱技术的应用更加广泛。
4、双向电泳（two-dimensional electrophoresis， 2-DE）与质谱（mass spectrum， MS）的结合是最常见的蛋白质组学的研究手段。双向电泳包括第一向等电聚焦（Isoelectric focusing， IEF）和第二向SDS-PAGE（sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis）。
5、蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变，微型化，集成化，高通量化的抗 体芯片就是一个非常好的研究工具，他也是芯片中发展最快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。
6、双向电泳技术（理想目的：将细胞（或组织）内所有蛋白质都分离开来）质谱技术及一系列派生技术 （测蛋白质序列）3 、蛋白质互相作用研究：酵母双杂交，细菌双杂交，免疫共沉淀技术，pull-down，FRET，BiFC等 蛋白质定位：荧光标记技术，共聚焦荧光显微镜技术，免疫荧光，免疫化学等技术。
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