蛋白质分子量预测网站的简单介绍

本篇文章给大家分享蛋白质分子量预测网站，以及对应的知识点，希望对各位有所帮助。

文章信息一览：

• 1、DNAMAN预测蛋白分子量准确吗?误差能有多大呢?
• 2、如果知道某蛋白分子量,怎么找出蛋白
• 3、列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
• 4、如何确定天然蛋白质的分子量及各组成亚基的分子量?
• 5、ccd预测蛋白质结构域怎么分析

DNAMAN预测蛋白分子量准确吗?误差能有多大呢?

如果你是通过SDS-PAGE来确定蛋白质的分子量，需要注意的是凝胶的浓度、孔隙大小、SDS的浓度、甚至电流的强度和电泳时间都可能影响蛋白质的迁移率。样本加载量和纯度：不同的样本纯度和浓度可能会影响SDS-PAGE结果，因为过度加载的蛋白质可能会导致迁移异常。

单纯通过尺寸判断介观还是微观错误的，应该从支配这个尺度的主要物理规律上判断）这个尺度是统计力学的一块硬骨头。其他生物大分子参与蛋白质折叠的过程，高度有序。不是随机过程，可惜我们看不到。这个过程恰恰把蛋白质折叠向一个亚稳定状态（能量较高局部最优结构），通常十分稳定的蛋白不会有活性。

得益于苹果公司强大的技术能力和与多家企业展开的深入合作。天气预报只能起到预测作用，或许会存在一定的时间误差。苹果公司拥有着极其强大的科技实力，优质人才不断完成软件开发和基础突破，使苹果公司在每一年推出得到众多消费者喜爱的产品。

正常有四颗卫星定位的情况下，十分的准确，精度在10米内。

树木的横断面上会有一圈圈色泽不大小不同的同心环纹，这便是树木的年轮。年轮可以粗略计算出树木的年龄。从年轮的宽窄，还可以了解树木的经历以及树木与当地气候环境的关系。

天气预报主要是使用收集大量的数据（气温、湿度、风向和风速、气压等等），然后使用目前对大气过程的认识（气象学）来确定未来空气变化。由于大气过程的混乱以及今天科学并没有最终透彻地了解大气过程，因此天气预报总是有一定误差的。

如果知道某蛋白分子量,怎么找出蛋白

1、敢问楼主是怎么知道蛋白分子量的呢？如果有蛋白样品，可以通过二级质谱获得蛋白的氨基酸序列，然后在蛋白数据中比对就可以知道是什么蛋白了。

2、如果检测到的条带在与该蛋白大小相符，基本可以判断该蛋白的存在。想进一步确认的话，可以电泳后取该条带做质谱检测。如果直接抗体westernblot没检测到的话，可以用该抗体对组织裂解液做IP，拉下来的beads制备样品再去western，还检测不到的话，基本可以判断蛋白在该组织中无表达。

3、通过分子筛先筛出某一分子量区段内的蛋白，再通过不同的离子交换柱，去分离带不同电荷的蛋白。通过几轮纯化后，最终得到目标蛋白。但是有几点需要注意：细菌表面蛋白，如果是膜蛋白，需要考虑如果有跨膜结构，蛋白抽提是一个问题。如何能够抽提获得完整的蛋白，可能需要尝试不同的抽提方式的。

4、方法如下：进行蛋白序列检测。先用聚丙烯酰胺凝胶电泳测定分子量，再跟标准的比对一下，如果有标准样，可以和提取出的蛋白质在一块凝胶上电泳，看迁移值是否一样。通过WB进行鉴定。通过蛋白电泳观察条带对应的分子量大小是否与目的蛋白一样。

5、下面以肽质指纹术和肽片段的测序来说明怎样通过质谱来鉴定蛋白质。（1）肽质指纹术由Henzel等人于1993年提出。

6、由于超滤过程中，滤膜表面容易被吸附的蛋白质堵塞，以致超滤速度减慢，截流物质的分子量也越来越小。所以在使用超滤方法时要选择合适的滤膜，也可以选择切向流过滤得到更理想的效果 离心也是经常和其它方法联合使用的一种分离蛋白质的方法。当蛋白质和杂质的溶解度不同时可以利用离心的方法将它们分开。

列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点

基因组数据库：这些数据库存储了各种生物体的基因组序列信息，包括DNA序列、RNA序列和蛋白质序列等。这些数据库的特点是数据量大、复杂度高，需要使用专业的生物信息学工具进行分析和解释。蛋白质数据库：这些数据库存储了各种生物体的蛋白质序列信息，包括氨基酸序列、结构信息和功能注释等。

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。DDBJ的数据库不仅包含了日本本土的数据，还包含了来自全球各地的数据，其中包括许多重要的科研成果。

GreenGenes：也是16S库，不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对，并基于这个东西搞了个物种分类工具。EMBOSS：一个工具包，提供了几百个进行序列操作的工具。BioPerl、BioPython：Perl和Python的生物学模块。R：类似matlab的语言，有一大堆的生物学包。

如何确定天然蛋白质的分子量及各组成亚基的分子量?

氨基酸是蛋白质的基本单元：蛋白质由氨基酸组成。氨基酸是一类含有氨基（NH2）和羧基（COOH）的有机化合物。在生物体内，共有20种常见的氨基酸，它们按照不同的顺序和组合形成了各种功能各异的蛋白质。 氨基酸的组合形成蛋白质：蛋白质的分子量取决于其中氨基酸的种类、数量和排列顺序。

SDS-PAGE电泳不是用来测定的吧，只是用来定性分析是不是在这个分子量。你要是想精确的测量还是要打MS的。

一般来说，蛋白质的分子量需在8000以上。若分子量再小一些就属于多肽的范围了。分子质量：设氨基酸的平均相对分子质量为a，含b个二硫键，蛋白质的相对分子质量=ma-18（m-n）-2b，也即氨基酸的平均分子量x氨基酸总的分子数（肽链数+肽键数）-18x脱水缩合的水分子数（和肽键数相等）。

假设组成蛋白质的20种氨基酸的平均分子量为128，（1）假设一个多肽化合物，由10个氨基酸构成一条肽链，那么该多肽的分子量约为 1118。（2）假设一个多肽化合物，由10个氨基酸构成两条肽链，那么该多肽的分子量约为 1136。

蛋白质跑SDS-PAGE前要用蛋白处理液处理（沸水浴5分钟），其中含有SDS，beta-巯基乙醇使蛋白质四级结构破坏（如果有的话），呈游离亚基状态。2）SDS-PAGE的原理就是仅仅根据蛋白质的分子量是蛋白质在电厂中移动，进而被分离。

ccd预测蛋白质结构域怎么分析

1、使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体可以进入NCBI后选择Conserved Domain然后点击Search。搜索结果中有四种类型的匹配：特定匹配（specific hits），非特定匹配（non-specific hits），这些匹配所属的超家族（superfamily），以及多结构域（multi-domains）。

2、一级结构预测 首先分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成。测定多肽链的氨基末端与羧基末端为何种氨基酸残基。把肽链水解为片段，分别进行分析。然后测定各肽链的氨基酸排列顺序，一般***用Edman降解法。

3、蛋白质结构域指蛋白质分子上可以区分出来的亚级球状结构，是高于超二级结构的结构层次。详细解释：蛋白质结构域是指蛋白质分子上可以区分出来的亚级球状结构，它是存在于蛋白质三维结构中的一个重要组成单位。蛋白质结构域通常由相对稳定的二级结构元素（如α螺旋、β折叠等）以及它们之间的连接区域组成。

4、蛋白质结构分析方法：X射线晶体衍射分析和核磁共振 x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平，使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局，还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。

5、结构域（ domain）是位于超二级结构和***结构间的一个层次。结构域是在蛋白质的***结构内的独立折叠单元，通常都是几个超二级结构单元的组合。在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，进一步折叠形成一个或多个相对独立的致密三维实体，即结构域。

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