细胞蛋白质组质谱定性分析-基于质谱的蛋白质组学

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• 1、关于蛋白质组学检测结果分析求助

关于蛋白质组学检测结果分析求助

利用如STRING、BioGRID等数据库，构建蛋白质之间的相互作用网络。（2）识别关键蛋白或亚网络，它们可能在疾病或特定生物过程中起到中心作用。验证：使用西方印迹、免疫荧光等技术，对筛选出的关键差异蛋白进行实验验证。

蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。

经过这几步的判断之后，可以得到一个初步的结果，比如说谱图数量是否和之前的结果差不多，质量精度及鉴定率如何，高丰度蛋白的存在与否，是否受污染，分离效率如何，定量是否准确，标记效率是否ok，等等，这些信息都可以得到。这样，我们最终可以得到一个准确可靠的蛋白质组学鉴定或定量结果用于后续的分析了。

在这个时代，生命科学的主要研究对象是功能基因组学，包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。尽管现在已有多个物种的基因组被测序，但在这些基因组中通常有一半以上基因的功能是未知的。

蛋白质组学数据中经常存在缺失值（missing values），特别是对于非标记定量蛋白质学（DDA或者DIA），都存在相当一部分缺失值。首先说说缺失值的产生机制：完全随机缺失（MCAR，Missing Completely At Random），指的是数据的缺失不依赖于自身或者其他变量，完全是随机的（例如质谱仪的扰动）。

利用2D－PAGE进行差异蛋白质组学分析的优点主要在于：效率高：目前，一块胶板（16cm×20cm）可检测到3000～4000个甚至10000个蛋白斑点。

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