tmt蛋白质组学质谱模式-质谱和蛋白组学
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2019-11-12听课笔记之蛋白质谱的原理及使用(二)
1、比如说我们有左上角这样一个肽段，理论上可以得到灰色标记出的各种b-y离子，通过分析质谱图，可以从中找到对应的碎片离子（右边表格里红色标记的都是可以从质谱图中找到的碎片离子），通过将这些信息拼装起来，我们就可以知道多肽的序列是什么。
2、质谱解析：将带上电荷的肽段送入质谱，肽段会在磁场中发生偏转（质谱仪的基本原理），在质谱里收集信号，得到谱图。 搜库：用搜索软件对质谱图进行自动化的分析，得到肽段及蛋白序列信息。 shotgun一般流程 Tips： 质谱种类很多，比如四级杆质谱、飞行时间质谱、四级杆离子阱、傅里叶变换质谱等。
3、根据一级质谱可以测得多肽整体的分子量，多肽碎裂时会产生一系列在肽链不同位置断裂而形成的碎片离子，可以得到多肽的二级谱图，根据二级质谱相近谱峰之间的质量数之差可以推算出对应的氨基酸序列。由两个氨基酸分子脱水缩合而成的化合物叫做二肽，同理类推还有三肽、四肽、五肽等。
4、听课笔记之蛋白质质谱的原理及使用（四） 下图就是色谱离子流图的某个瞬间。横坐标是质荷比，纵坐标是信号强度。这个瞬间进入色谱的有这样一些信号，信号强度最高的是质荷比为4731的肽段，其他一些肽段也可以进行查看。 这是我们在打开质谱的下机数据所能看到的最直观的结果。
5、你好！根据一级质谱可以测得多肽整体的分子量，多肽碎裂时会产生一系列在肽链不同位置断裂而形成的碎片离子，可以得到多肽的二级谱图，根据二级质谱相近谱峰之间的质量数之差可以推算出对应的氨基酸序列。如有疑问，请追问。
6、种分离技术联合使用 j。2 基质辅助激光解吸附质谱技术（Matrix AssistedLaser Desorption/Ionization，MALDI） 基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。
蛋白质质谱分析具体流程
目前蛋白质组学研究在表达蛋白质组学方面研究的最为广泛，其分析通常有三个步骤：第一步、运用2-DE技术分离样品中的蛋白质；第二步、应用质谱技术或N末端测序鉴定2-DE分离的蛋白质；第三步、应用生物信息学技术存储、处理、比较获得的数据。
基本过程是将蛋白质被打成单电荷片段，通过电磁偏转得到一系列长度不等的片段，由于可测得质量，将片段排序，就可知道某个位点的氨基酸的质量，进而得知氨基酸的种类，重复此过程，可得知所有氨基酸的种类，进而得知蛋白质的序列，一般都是以及序列的信息，毕竟蛋白质测序之前要经过预处理。
将准备好的蛋白质进行2D-PAGE实验，先选择合适的PH范围进行等电聚焦，平衡胶条，再进行第二维的聚丙烯酰胺凝胶电泳。对2D凝胶进行染色处理（可选择各种染色方法），利用软件分析比较成对组织的2D结果，找到上调或下调的蛋白质点。
母离子检测，母离子裂解成一系列子离子，子离子检测。 数据库检索。 人工验证，输出报告。2 蛋白混合物的鉴定用于鉴定含多种蛋白的混合物，根据样品的复杂程度***取不同的策略分离后再进行质谱鉴定。
分析糖基化位点的方法：实验方法：质谱分析：质谱（MS）是确定蛋白质糖基化位点的黄金标准。通过对特定肽段的MS/MS分析，可以鉴定出糖基化的特定位点。免疫印迹：使用特定于糖基化位点的抗体进行检测。
蛋白质组学实验设计、质控与分析
1、【答案】： 蛋白质组学（Proteomics）：指在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质表达水平，翻译后修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。
2、当鉴定到较少数量的候选蛋白后，就可以利用通路分析深入了解这些蛋白是如何与肿瘤发生、增殖、转移和其他癌症驱动过程相关的，随后在独立大队列样品中补充差异表达蛋白的验证实验。
3、这样，我们最终可以得到一个准确可靠的蛋白质组学鉴定或定量结果用于后续的分析了。
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