go语言生物信息-生物信息学编程语言
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非模式生物GO、KEGG富集分析
1、KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。对于模式生物，GO和KEGG富集分析实现起来比较容易，对于非模式生物来说还是需要花点时间和精力。对于模式生物的GO和KEGG富集分析，网上教程案例挺多的。
2、GO GO是Gene ontology的缩写，GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述 即对基因产物进行简单注释，通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。
3、KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。这意味着GO分析可以在基因还没有被表达的情况下就可以确定其功能，而KEGG分析则必须等到基因被表达出来之后才能进行分析。
4、Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。
5、导航GO世界 GO，基因功能分类的黄金标准，它将基因功能划分为分子功能、细胞组分和生物过程三大领域。富集分析的核心是理解前景基因（如差异表达基因）***定GO term在特定领域中的占比是否显著高于背景基因（所有基因）。
6、有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在所有基因中的占比。有很多人解释得更清楚，比如 GO分析学习笔记 、徐洲更的 基因表达分析（中）- 富集分析 、 转录组入门（8）： 富集分析 。我并不研究模式植物，而且已有的 OrgDb 可能存在版本问题。
GO和KEGG的区别_go和kegg分析
1、GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子，pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。
2、KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。这意味着GO分析可以在基因还没有被表达的情况下就可以确定其功能，而KEGG分析则必须等到基因被表达出来之后才能进行分析。
3、GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。目的在于建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。
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1、在生物信息学分析中，通常要用到统计学的知识，具体的例子如下在paml计算选择压力时，计算正选择基因的显著性、基因家族收缩和扩张时的显著性、计算差异表达基因的显著性、富集分析等。
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