北京蛋白质分析组学-北京蛋白质组研究中心姜颖
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蛋白质组学数据分析基础(一)
1、这样，我们最终可以得到一个准确可靠的蛋白质组学鉴定或定量结果用于后续的分析了。
2、利用如STRING、BioGRID等数据库，构建蛋白质之间的相互作用网络。（2）识别关键蛋白或亚网络，它们可能在疾病或特定生物过程中起到中心作用。验证：使用西方印迹、免疫荧光等技术，对筛选出的关键差异蛋白进行实验验证。
3、质谱技术：质谱技术是蛋白质组学中最常用的和最基本的技术，它可以检测和识别各种生物样品中的蛋白质和其他大分子有机物，从而可以提高研究的准确性，特别是在研究动态蛋白信号转导及表观遗传因子的时候，质谱技术的应用更加广泛。
4、蛋白质组学的基本技术流程主要为以下四方面：蛋白质标本的制备及分离：寻找较好的方法尽可能完全地抽提细胞或组织中的全部蛋白质是比较蛋白质组学研究的重要前提。蛋白质图像的差异对***析：给予双向电泳所获得的凝胶图谱，可用图像分析软件进行分析对比。
5、而蛋白质组学从源头上检测出未来疾病的发展变化，大大提高了生命质量。蛋白质组学检测原理就是应用特定结合生物标志物的抗体快速准确的分析蛋白质组的标志物，在玻璃芯片上监测结果会发出荧光信号，信号的强弱就代表与疾病状态相关的数据。
6、可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。Clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。对人类而言，蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康，主要指促进分子医学的发展。
蛋白质组组学研究的基本策略是什么?
1、蛋白质组学的研究策略主要包括如下：质谱法：通过测量蛋白质的质量来研究其特性，包括串联质谱技术（MS/MS）用于确定蛋白质的氨基酸序列和翻译后修饰等信息。蛋白质互作网络分析：研究蛋白质间的相互作用，揭示蛋白质在细胞内不同通路中的相互作用和功能。
2、蛋白质组学的研究方法有蛋白质鉴定、翻译后修饰、蛋白质功能确定、蛋白质靶向定量技术。蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。
3、一 双向电泳。双向电泳（two-dimensional electrophoresis， 2-DE）与质谱（mass spectrum， MS）的结合是最常见的蛋白质组学的研究手段。双向电泳包括第一向等电聚焦（Isoelectric focusing， IEF）和第二向SDS-PAGE（sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis）。
4、Genomic Solution可以为研究者提供除质谱外的所有蛋白质组学研究工具，包括二维电泳系统，成像系统及分析软件，胶切割系统，蛋白质消化浓缩工作站，点样工作站等；同时还可以提供相关试剂和消耗品。蛋白质相互作用的研究，酵母双杂交和噬菌体展示技术无疑是很好的研究方法。
5、蛋白质组学的基本技术流程主要为以下四方面：蛋白质标本的制备及分离：寻找较好的方法尽可能完全地抽提细胞或组织中的全部蛋白质是比较蛋白质组学研究的重要前提。蛋白质图像的差异对***析：给予双向电泳所获得的凝胶图谱，可用图像分析软件进行分析对比。
持家蛋白的名词解释?
持家基因（house-keeping genes）：又称管家基因，是指所有细胞中均要表达的一类基因，其产物是对维持细胞基本生命活动所必需的。如微管蛋白基因、糖酵解酶系基因与核糖体蛋白基因等。 管家基因表达水平受环境因素影响较小，而是在个体各个生长阶段的大多数、或几乎全部组织中持续表达，或变化很小。
如果质粒高拷贝或者质粒装有强启动子，胞内外源蛋白的含量会很高（甚至70%），一个是外源蛋白形成包涵体，或者启动胞内蛋白质降解系统，如蛋白酶体、热休克蛋白，加速异源蛋白的降解，此时细胞内组成型蛋白（俗称持家蛋白，即生长必须蛋白）的含量显著下降，更新速率降低，表观上就是细胞生长和分裂受限制。
生物体内的蛋白质降解过程复杂且精细，它在维持细胞功能与新陈代谢中扮演着关键角色。首先，蛋白质降解的特性独特，细胞和细菌会根据需要，有选择地处理非正常蛋白质，通过个性化的速度决定其去留。
2019-11-12听课笔记之蛋白质谱的原理及使用(二)
比如说我们有左上角这样一个肽段，理论上可以得到灰色标记出的各种b-y离子，通过分析质谱图，可以从中找到对应的碎片离子（右边表格里红色标记的都是可以从质谱图中找到的碎片离子），通过将这些信息拼装起来，我们就可以知道多肽的序列是什么。
质谱解析：将带上电荷的肽段送入质谱，肽段会在磁场中发生偏转（质谱仪的基本原理），在质谱里收集信号，得到谱图。 搜库：用搜索软件对质谱图进行自动化的分析，得到肽段及蛋白序列信息。 shotgun一般流程 Tips： 质谱种类很多，比如四级杆质谱、飞行时间质谱、四级杆离子阱、傅里叶变换质谱等。
根据一级质谱可以测得多肽整体的分子量，多肽碎裂时会产生一系列在肽链不同位置断裂而形成的碎片离子，可以得到多肽的二级谱图，根据二级质谱相近谱峰之间的质量数之差可以推算出对应的氨基酸序列。由两个氨基酸分子脱水缩合而成的化合物叫做二肽，同理类推还有三肽、四肽、五肽等。
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