生物测序与生物信息分析-深度测序数据的生物信息学分析及实例
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测序常用名词的解释整理
1、DNA测序（DNA sequencing，或译DNA定序）是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。RNA测序则通常将RNA提取后，反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。
2、SSR ：Simple Sequence Repeat，简单重复序列。指的是基因组中由 1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段 DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在 200 bp 以下。
3、二代测序（NGS），又称为高通量测序，是低成本、高准确度、一次可对多个样本的几十万甚至几百万条DNA分子同时进行快速测序分析的新一代测序技术，虽然已被广泛运用于临床，但尚无科学协会对其在肿瘤学实践中的应用提出建议。
4、sample2测序深度为15，自然sample2的基因counts都比sample1的高很多。如若消除，计算比例即可。即针对每一样本，计算每一个基因counts相对于整体测序深度的比例。（2）不同基因的长度：例如geneA长度为1KB，geneB长度为10KB；那么geneB的counts数总体都大于geneA。若相除，则计算基因平均每KB的表达量即可。
5、外显子测序 外显子测序，也叫做外显子捕获测序。首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集，然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。外显子区域占整个人类基因组1%的比例，但是却包含了85%左右的已知疾病变异。
生物信息技术专业是学什么的?
生物信息学专业简介 生物信息学（Bioinformatics）是 研究生 物信息的***集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和 计算机 科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。
生物信息学是研究生物信息的***集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。
生物信息学属于理学，是分子生物学和计算机科学相互交叉形成的新兴前沿学科，本专业是根据21世纪最具市场活力的新兴生物信息产业市场需求而设置的新专业。
本专业的核心课程主要包括《生物分子操作实验技术》《高通量测序技术》《测序数据分析》《生物信息数据库使用与管理》《Python语言生物数据管理》等。
生物信息学（bioinformatics）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。
生物信息学不算冷门专业 生物信息学是一门交叉学科是综合利用生物学、计算机科学和信息技术还有数学工具，来解释和阐明非常多的生物数据所包含的生物学意义。
微生物的基因组分析后会得到哪些重要信息
就是根据客户要求完成精细图、框架图、完成图，以及功能基因分析（如耐药基因分析）、进化分析、毒力分析等等，也可以根据要求者的具体实验提出的具体问题进行分析。
启示是微生物基因组学在人类的健康、能源、环境等方面起着重要作用。
通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
通过大量测序，可以获得样品的群落结构资讯，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
生物信息学是干什么的?
1、生物信息学专业简介 生物信息学（Bioinformatics）是 研究生 物信息的***集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和 计算机 科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。
2、生物信息学 （Bioinformatics ）是研究生物信息的***集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的 一门新学科 。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。
3、生物信息学属于理学，是分子生物学和计算机科学相互交叉形成的新兴前沿学科，本专业是根据21世纪最具市场活力的新兴生物信息产业市场需求而设置的新专业。
4、生物信息学是一门跨学科的科学领域，它结合了生物学、计算机科学和统计学的知识和技术，旨在研究和解释生物学数据。生物信息学的主要目标是通过分析和解释生物学数据来揭示生物系统的结构、功能和演化。生物信息学的主要课程涵盖了多个领域，包括计算机科学、生物学、数学和统计学。
5、生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。
生物信息学在转录组数据分析中的主要应用
1、转录组学是研究基因转录过程的全面性和动态性的学科。生物信息学在转录组学中的应用主要是通过分析RNA序列数据，揭示基因表达模式、剪接异构体和转录因子的调控等信息。
2、转录组学研究通过分析转录本的数量和种类，研究基因在不同组织、不同发育阶段或不同环境条件下的表达情况。蛋白质组学研究，通过研究蛋白质的表达、修饰和相互作用，揭示基因与疾病、发育等过程的关联。
3、测序与序列比对（SequenceAlignment）\x0d\x0a测序是生物信息学的基础和主要数据来源，可以是人类数据也可以是其他的数据。
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