蛋白质***结构软件-蛋白质***结构预测软件

今天给大家分享蛋白质***结构软件，其中也会对蛋白质***结构预测软件的内容是什么进行解释。

文章信息一览：

• 1、蛋白质二级结构预测软件的推荐及具体介绍
• 2、SWISS-MODEL--目标蛋白三级结构预测
• 3、有没有输入碱基能预测蛋白质三级结构的软件或网站
• 4、蛋白质的三级结构主要化学键
• 5、什么是蛋白质的一二三四级结构
• 6、在ncbi上我搜到了一个蛋白~我如何知道这个蛋白有没有3d结构?

蛋白质二级结构预测软件的推荐及具体介绍

蛋白质二级结构（secondary structure of protein）是指蛋白质的多肽链中有规则重复的构象，限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区段的相互关系及侧链构象。

它并不涉及氨基酸残基侧链的构象。蛋白质二级结构的主要形式包括α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲。由于蛋白质的分子量较大，因此，一个蛋白质分子的不同肽段可含有不同形式的二级结构。

其可以发现不同的序列之间的相似部分，从而推断它们在结构和功能上的相似关系，主要用于分子进化关系，预测蛋白质的二级结构和***结构、估计蛋白质折叠类型的总数，基因组序列分析等。

第一个问题你可以转换成FASTA格式，或者把所有的序列在NCBI中用BLAST两两对比。蛋白类的我不懂，不便说。

SWISS-MODEL--目标蛋白***结构预测

SWISS-MODEL网站地址： https：// 是一款用同源建模法预测蛋白质***结构的全自动在线软件。

swis***odel预测三维结构下载pdb结构保存。根据查询相关资料信息，swis***odel预测三维结构预测好的结构，下载pdb结构，用免费软件pymol打开，就可以观察储存蛋白结构了。

点击PDBFile，打开新网页。把网页另存为一个文件。或者把网页内容黏贴到一个txt文件，再把扩展名改成pdb即可。

首先打开浏览器。其次搜索框搜索swis***od挂网。然后找到***下载安装即可。SWIS***ODEL是一款用同源建模法预测蛋白质***结构的全自动在线软件。

SWISS-MODEL是在线蛋白质结构建模服务器，可以根据提供的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构。MODELLER是基于比较模建的蛋白质结构预测软件，利用已知结构的蛋白质来辅助预测目标蛋白质的结构。

可以。可靠性：Swiss-Model是经过广泛验证和评估的蛋白质模型预测软件。基于多种算法和技术，包括比对、模拟和评估等，能够提供准确可靠的蛋白质结构预测结果。

有没有输入碱基能预测蛋白质***结构的软件或网站

1、SWISS-MODEL网站地址： https：// 是一款用同源建模法预测蛋白质***结构的全自动在线软件。

2、所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接，再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。

3、PIR国际蛋白质序列数据库（PSD）是由蛋白质信息资源（PIR）、慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库，可在这里下载。

4、***ART进行时，可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl ID / accession number （ACC）。或是直接蛋白序列。运行***ART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。

5、如果是未知的，就用NCBI中blastx功能可以查看这个基因的编码产物是否与其他蛋白质类似，推断其功能。

6、进入ExPASy的网站：http：//expasy.org/tools/protscale.html，选择Hphob. / Kyte & Doolittle 。

蛋白质的***结构主要化学键

维系蛋白质***结构的主要化学键是：疏水键。疏水键是多肽链上的某些氨基酸的疏水基团或疏水侧链（非极性侧链），由于避开水而造成相互接近、粘附聚集在一起。它在维持蛋白质***结构方面占有突出地位。疏水键又称疏水作用力。

β-转角：常发生于肽链进行180度回折时的转角上，常有4个氨基酸残基组成，第二个残基常为脯氨酸。无规卷曲：无确定规律性的那段肽链。主要化学键：氢键。

四级结构：每一条多肽链都有其完整的***结构，称为亚基。

蛋白质***结构：指整条肽链当中，全部氨基酸残基的相对空间位置，称为蛋白质***结构，主要有离子键、氢键等。

蛋白质一共有四级结构，其中***结构要通过一步一步来延伸，通过一级结构到二级到***的结构。蛋白质的一级结构：指多肽链中氨基酸排列顺序，称为一级结构，主要化学键是肽键。

什么是蛋白质的一二三四级结构

1、什么叫蛋白质的四级结构如下：蛋白质分子是由许多氨基酸分子通过肽键缩合而成的多肽链。①一级结构：是指组成蛋白质的多肽链中氨基酸的种类、数目和排列顺序。肽链中的键以肽键为主，或有少量二硫键。

2、一级结构：蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序，以及二硫键的位置。二级结构：蛋白质分子局区域内，多肽链沿一定方向盘绕和折叠的方式。***结构：蛋白质的二级结构基础上借助各种次级键卷曲折叠成特定的球状分子结构的空间构象。

3、蛋白质四级结构 （1）一级结构指形成肽链的氨基酸序列，即氨基酸残基的排列顺序。（2）二级结构多肽链盘绕形成规律性结构。（3）***结构多肽链三维构象，在二级结构基础上，进一步折叠成复杂分子结构。

4、关于蛋白质的一二三四级结构如下：蛋白质一级结构：多肽链中氨基酸的排列顺序。 蛋白质二级结构：一级结构中部分肽链的卷曲或折叠产生二级结构。蛋白质***结构：表示的是一条肽链的总的三维形状。

5、一级结构（primary structure）：氨基酸残基在蛋白质肽链中的排列顺序称为蛋白质的一级结构，每种蛋白质都有唯一而确切的氨基酸序列。

在ncbi上我搜到了一个蛋白~我如何知道这个蛋白有没有3d结构?

1、查一下，看看这是神马蛋白，再查是否有人已经发表过这种蛋白的三维结构。

2、在NCBI或者BLAST中找到这段序列所在蛋白质的名称，以及其它所有用过的名字或者别名 2。在PDB中搜索这些名字或名称，看有没有存在的结晶结构， 大多数是NMR的或者X-ray的。3。

3、你好，很高兴回答你的问题。首先可以根据序列blast查到对应的蛋白名或者基因名，然后在PDB数据库中搜索，网址如下：http：//，这个数据库收录了目前已知的所有蛋白结构。希望被***纳哦。

4、如果建得了模型，swiss-model会给出建模所参考的模版的编号，你可以用这个编号在pdb数据库中搜索相应的蛋白质结构。

5、PDB是存储蛋白质结构的数据库，也可用NCBI的conserved domain description 查询看有没有相应的记录，如果是查这个的话，记录结果会更多。查询的范围要靠慢慢了解去选择的。

6、用你要查的神经氨酸酶的英文名称 或者简称 或者你知道的PDB编号 在PDB里搜索，会出现很多相关蛋白。

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