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免疫浸润生物信息分析平台-免疫细胞浸润实验分析方法

生物信息 1个月前 (03-18) 29

文章信息一览：

1、想免费学/做生信分析?可以去这几个网站
2、做免疫浸润,TIMER数据库真心好用!
3、不用写代码也可以做免疫浸润分析;神器持续输出中,TIMER2.0的教程来啦...
4、...让你零代码15分钟完整复现一篇4+免疫类生信SCI!

想免费学/做生信分析?可以去这几个网站

1、接下来，我们通过GeneCards或者UniProt等网站进一步了解目标基因的基本信息，了解到COL10A1编码的COL10是胶原超家族的一员，广泛存在于大多数肿瘤组织中，并可能与肿瘤血管生成有关。接下来，我们将带领大家在15分钟内快速复现COL10A1在乳腺癌中的生物信息学分析。

2、安装生物软件使用conda命令安装所需生物软件，包括搜索、安装、显示、更新等操作。指定版本安装可以安装最新版本或指定特定版本的生物软件，如bwa=0.15。Tips：有时安装会中断，尝试多次以确保成功。至此，bioconda提供了一套高效、便捷的生物信息学软件安装流程，显著提高了生物信息学研究的效率。

（图片来源网络，侵删）

3、用户可以通过单个或多个miRNA或mRNA进行搜索，获得详细的结果，包括图表和富集分析，并支持数据下载，适合研究感兴趣的miRNA靶基因或mRNA结合的miRNA。为了帮助您更好地掌握生信数据挖掘的技能，我们推荐报名参与《10天领悟3分SCI文章套路》的限时免费训练营。

4、GEO数据库作为最常用的数据资源，我们经常需要从这里获取想要分析的数据，以及用于验证的外部数据。然而数据下载后通常无法直接使用，需要进行探针合并，重复基因处理，标准化，以及临床信息获取等复杂操作，对于没有编程和生信基础的用户及其不友好。

5、现在正是抓住单细胞分析热潮的绝佳时机。不把握机会，后续的竞争将异常激烈。有意向的科研工作者应迅速行动，切勿错过这一机遇。单细胞分析不仅能够显著提升文章的学术水平，而且在常规生信分析中，其高得分效果显著。本文推荐10个生信常用单细胞数据库，以供研究者在单细胞分析中参考。

（图片来源网络，侵删）

做免疫浸润,TIMER数据库真心好用!

关注Timer计算免疫细胞浸润相关性的功能。在Gene模块中输入基因名和癌症类型，分析后可看到目标基因表达与六种免疫细胞浸润水平的相关性散点图，支持下载为图片或数值。

TIMER，一个专注于癌症免疫细胞综合分析的网络服务器，提供了全面的资源，以系统性分析不同癌症类型中的免疫浸润。用户可通过此平台生成高质量图形，深入探索肿瘤免疫、临床和基因组特征，以及基因表达与免疫浸润之间的相关性。

四川大学华西口腔医院、哈佛大学和同济大学等机构的研究团队合作开发了TIMER0数据库，这个强大的工具不仅提供了全面且可视化的肿瘤浸润免疫细胞分析，还支持用户动态生成高质量图表，以深入探究肿瘤的免疫学、临床和基因组特性。研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

免疫评估模块评估模块要求用户上传数据，并选择癌种和物种，网站将自动生成免疫浸润评估表格、样本比较柱状图及免疫细胞分布饼图。以网站示例数据演示。结果包含TIMER估计及CIBERSORT、quanTIseq、xCell、MCP-counter和EPIC的免疫评估结果。柱状图与饼图支持下载为JPG或PDF格式。

而Estimation模块则允许用户对自身数据进行免疫浸润分析。值得一提的是，TIMER的使用范围仅限于TCGA已有的癌症类型数据，这对于希望利用大规模临床数据进行研究的科学家来说，无疑是一个强大的工具。想要深入了解肿瘤组织中免疫细胞动态的科研人员，不妨尝试使用TIMER数据库，它将为您的研究工作提供有力支持。