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蛋白质组数据-蛋白质组数据的获取方法

蛋白质工程 3个月前 (06-30) 30

文章阐述了关于蛋白质组数据，以及蛋白质组数据的获取方法的信息，欢迎批评指正。

文章信息一览：

1、人体基因组的大小约为多大?
2、“基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同?
3、smart数据库的侧重点是什么

人体基因组的大小约为多大?

1、按照这个***的设想，在2005年，要把人体内约10万个基因的密码全部解开，同时绘制出人类基因的谱图。换句话说，就是要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。

2、人有大约20000到25000个基因，含有约36亿个DNA碱基对。人类基因组，称人类基因体，由22对染色体以及1条X染色体和一条Y染色体组成的，其人类基因组含有约36亿个DNA碱基对。人类只有一个基因组，大约有2-3万个基因。

（图片来源网络，侵删）

3、人体约有4~6 x 10^14 个细胞，每个细胞有2套基因组，每套基因组的DNA总长2 x 10^9 bp，因此人体DNA总量就是5 x 10^14 x 2 x 2 x 10^9 = 2 x 10^24 bp（碱基对），换算成摩尔量就是2 x 10^24 / 02 x 10^23 = 3 mol。

4、以人体基因组来说，人类只有一个基因组，大约有2-3万个基因，由23对染色体组成。以基因数量来说，人类基因组含有约36亿个DNA碱基对，其中一部分的碱基对组成了大约20000到25000个基因。这些基因不仅可以通过***把遗传信息传递给下一代，还可以使遗传信息得到表达。

5、不同人种之间头发、肤色、眼睛、鼻子等不同，是基因差异所致。基因是生命遗传的基本单位，由30亿个碱基对组成的人类基因组，蕴藏着生命的奥秘。始于1990年的国际人类基因组***，被誉为生命科学的“登月”***，原***于2005年完成。

（图片来源网络，侵删）

6、破译人类全部遗传信息，使人类第一次在分子水平上全面地认识自我。人类基因组，又称人类基因体，是指人的基因组，由23对染色体组成，其中包括22对体染色体、1条X染色体和1条Y染色体。人类基因组含有约30亿个DNA碱基对，其中一部分的碱基对组成了大约20000到25000个基因。

“基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同?

常见的组学包括基因组学（研究基因组DNA的组成和功能）、转录组学（研究转录过程中产生的RNA的表达和调控）、蛋白质组学（研究蛋白质的组成、调控和相互作用）和代谢组学（研究生物体内代谢物的组成和变化）。组学研究通常涉及大规模的样本分析和数据处理，旨在揭示生物体内的整体特征和生物过程。

在各种时、空、条件下，不同时间（如发育阶段，昼夜节律）、不同空间（不同组织/器官）以及不同条件（如疾病/健康，锻炼前后，不同饮食，不同气候等）基因转录组、蛋白组、代谢组、甲基化组。

基因组是生物的蓝图，转录组预示生命进程，而蛋白质组则是其实际运作的舞台。在后基因组时代，蛋白质组学作为功能基因组研究的核心，聚焦于细胞或组织中所有蛋白质的表达与动态。它不仅是基因组的执行者，更是生命活动的详细画卷。

不相同。对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位分析，或得一个表达谱的“全景图”；挖掘受转录后调控的关键蛋白或关键基因，寻找某些关键的代谢通路或者调控因子；对于一些蛋白数据库不完整的物种，通过转录组数据构建蛋白质库，可以大幅度提高蛋白质的鉴定数。

***art数据库的侧重点是什么

1、主要侧重点是信号、胞外和染色质相关蛋白质家族的注释。数据库是“按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库”。是一个长期存储在计算机内的、有组织的、可共享的、统一管理的大量数据的***。

2、SHLR作为统一的核心用户数据库，可以完成： PHS用户数据存储、集中管理、业务属性判断； PSTN用户数据存储、集中管理、业务属性判断； PHS、PSTN两网统一的数据存储、集中管理、业务属性判断。

3、UniProt数据库蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

4、***ART进行时，可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl ID / accession number （ACC）。或是直接蛋白序列。运行***ART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。***ART结果，运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。因为都是详细的说明。

5、AMD和XilinxSoC联手加速性能第二代***artSSD搭载AMD的XilinxSoC，相较于传统非CSD配置，它能将数据库查询处理时间缩短50%，同时节能高达70%。这种集成式的解决方案，将计算任务更紧密地与存储硬件结合，极大地提高了效率。

关于蛋白质组数据，以及蛋白质组数据的获取方法的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。