pdb蛋白质-PDB蛋白质数据库的特点

接下来为大家讲解pdb蛋白质，以及PDB蛋白质数据库的特点涉及的相关信息，愿对你有所帮助。

文章信息一览：

• 1、请问如何从PDB里面下载蛋白质3D结构
• 2、以下关于PDB数据库描述正确的是:
• 3、我们生物化学讲到蛋白质的内容,想问一下一个名词,什么叫“蛋白质三级...
• 4、蛋白质数据库的简介
• 5、为什么在uniprot中一个ID会对应到PDB数据库中的多个ID

请问如何从PDB里面下载蛋白质3D结构

用你要查的神经氨酸酶的英文名称 或者简称 或者你知道的PDB编号 在PDB里搜索，会出现很多相关蛋白。每个都有简要描述 引用的文献 仔细看看 找到你想要的 下载PDB文件 还有对应的文献看看（每一个蛋白结构都是通过发表文章测定公布的）。

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并可以将这个结构图下载到电脑中，通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。从PDB网站上下载的3D结构图的后缀名为.pdb。

以下关于PDB数据库描述正确的是:

1、蛋白质数据库有以下多个： PDB蛋白质数据库 PDB（Protein Data Bank）是全世界最大的蛋白质结构数据库。它包含了大量的蛋白质三维结构信息，这些结构信息是基于X射线晶体学和核磁共振等实验手段得到的。科研人员可以通过该数据库查询蛋白质的结构、功能以及其他相关信息。

2、PDB是由世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank，wwPDB）管理。PDB是结构生物学的关键性资源，大部分学术刊物，以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院（NIH）]，现在都要求科学家将它们研究的蛋白质、核酸结构上传到PDB。

3、PDB，即Parallel DataBase的缩写，其中文解释为“并行数据库”。这个术语在计算机科学中被广泛使用，尤其在数据库系统的设计和实现中占据重要地位。

4、PDB（Program DataBase），全称为“程序数据库”文件，是VS编译链接时生成的文件。DPB文件主要存储了VS调试程序时所需要的基本信息，主要包括源文件名、变量名、函数名、FPO（帧指针）、对应的行号等等。因为存储的是调试信息，所以一般情况下PDB文件是在Debug模式下才会生成。

5、PDB是目前最主要的收集生物大分子（蛋白质、核酸和糖）5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。

6、pdb是程序数据库文件。pdb的全称为palm database，为palm os操作系统中的数据文件类型。通常我们在使用palm系统的电子书时都会使用到此文件。pdb的标样为世界通用的碳氧同位素标准，它的特点为免费、支持中文以及支持文件拖拽，拖住pdb文件向里扔就能显示这个文件的信息。

我们生物化学讲到蛋白质的内容,想问一下一个名词,什么叫“蛋白质***...

蛋白质***结构数据库是《生物信息学》里面的内容。简单来说就是已知一段氨基酸序列的空间构象（***结构），若另一蛋白质分子中含有这段氨基酸序列，就可以大致推断这个蛋白质的空间构象（***结构），而由这些已知的氨基酸序列的***结构构成的库就是相应的数据库_蛋白质***结构数据库。

蛋白质***结构（protein tertiary structure）：蛋白质分子处于它的天然折叠状态的三维构象。***结构是在二级结构的基础上进一步盘绕，折叠形成的。***结构主要是靠氨基酸侧链之间的疏水相互作用，氢键，范德华力和静电作用维持的。

蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物大分子。蛋白质的结构有：一级结构：蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序，以及二硫键的位置。二级结构：蛋白质分子局区域内，多肽链沿一定方向盘绕和折叠的方式。***结构：蛋白质的二级结构基础上借助各种次级键卷曲折叠成特定的球状分子结构的空间构象。

蛋白质变性，破坏的就是以上各种空间结构，可以是部分破坏，也可以是全部破坏。注意：变性没有破坏蛋白质的一级结构。———空间结构包括2，3，4级？是的，没错！除此之外，空间结构还有：超二级结构 和 结构域。大学《生物化学》教材会讲到的。

蛋白质数据库的简介

1、蛋白质数据库（Protein Data Bank， PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。这些数据包括X光晶体衍射或者NMR核磁共振显示以及由全世界生物学家和生物化学家上传，在网上，它们可以通过PBD的会员组织（PDBe， PDBj， RCSB）免费获取。

2、蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。 服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者 。分子结构特征描述***用汉语，同时提供英文原文以供考证。

3、数据库主要由MiCroKit和PhosSNP两个子库构成。MiCroKit集中了大量关于中体（Midbody）、中心体（Centrosome）和动点（Kinetochore）区域的蛋白质实验数据，这些复合物在细胞有丝分裂过程中起关键作用，精确调控分裂进程。

为什么在uniprot中一个ID会对应到PDB数据库中的多个ID

1、PDB 是蛋白质复合物的数据库，一个pdb id 往往代表多个蛋白质形成的复合物，或者蛋白质与小分子形成的复合物。而uniprot是蛋白质数据库，一个id就代表一个蛋白质。

2、PDB是由一个叫做世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank， wwPDB）管理。PDB是结构生物（如结构基因组学）的一个关键性资源。

3、蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

4、PDB（Protein Data Bank）是全世界最大的蛋白质结构数据库。它包含了大量的蛋白质三维结构信息，这些结构信息是基于X射线晶体学和核磁共振等实验手段得到的。科研人员可以通过该数据库查询蛋白质的结构、功能以及其他相关信息。

5、所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接，再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。不放心的话，可以在string啦，或者其他的数据库中找相关的链接，看看有没有PDB的相关标号，就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。

关于pdb蛋白质，以及PDB蛋白质数据库的特点的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。