生物信息学一级数据库-生物信息学一级数据库是什么
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常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些?
而当涉及到蛋白质结构的预测时，PDB：三维结构的宝库/起着关键作用。PDB是蛋白质结构的权威数据库，它收纳了超过170，000个结构，涵盖蛋白质、核酸、小分子和复合物。研究人员可以利用PDB进行实时的结构预测，探寻蛋白质的内在结构与功能关联，甚至为药物设计提供潜在靶点。
国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。DDBJ的数据库不仅包含了日本本土的数据，还包含了来自全球各地的数据，其中包括许多重要的科研成果。
MMDB（Molecular Modeling Database）数据库正是一个***蛋白质数据库，它整合了多个来源的蛋白质序列、结构、功能以及其他相关信息，为用户提供了一个统一的、易于查询和分析的数据平台。通过MMDB，研究者可以获取到丰富的蛋白质结构和功能信息，从而更深入地理解蛋白质在生命活动中的作用和机制。
由于TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通过计算机程序翻译生成，这两个数据库中的序列错误率较大，均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D[Namboodiri， 1990]。该数据库的序列是从三维结构数据库PDB中提取出来。
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