蛋白质组测序平台-蛋白质测序仪是根据什么设计的

文章阐述了关于蛋白质组测序平台，以及蛋白质测序仪是根据什么设计的的信息，欢迎批评指正。

文章信息一览：

• 1、蛋白质的主要研究
• 2、蛋白质组学包括Edman测序技术吗?
• 3、测序相关知识总结
• 4、几种推测cdna编码的蛋白质的方法

蛋白质的主要研究

1、蛋白质工程研究的内容十分广泛，大致可分为两方面：（1）基因水平上的蛋白质改造。这是从根本上实现的蛋白质改造，也就是第二代基因工程。它不再是单纯的基因克隆和表达，而要求进一步的基因操作。

2、双向电泳技术（理想目的：将细胞（或组织）内所有蛋白质都分离开来）质谱技术及一系列派生技术 （测蛋白质序列）3 、蛋白质互相作用研究：酵母双杂交，细菌双杂交，免疫共沉淀技术，pull-down，FRET，BiFC等 蛋白质定位：荧光标记技术，共聚焦荧光显微镜技术，免疫荧光，免疫化学等技术。

3、蛋白质组的经典研究路线如下：LCM-二维电泳·质道的技术路线是典型的一条蛋白质组学研究的技术路线，除此以外，LCM-抗体芯片也是一条重要的蛋白质组学研究的技术路线。即通过LCM技术获得感兴趣的细胞类型制备细胞蛋白质样品，蛋白质经荧光染料标记后和抗体芯片亲交，从而可以比两种样品蛋白质表达的异同。

蛋白质组学包括Edman测序技术吗?

Edman降解才是氨基酸序列的测定技术。但是它不能测超过40个残基的序列。所以测大的蛋白质的序列时，需要用化学试剂将蛋白质降解为一些肽段。即需要水解。水解时一般用三氟乙酸进行酸水解。酸水解就是加热酸进行水解，而碱水解就是加入碱进行水解。蛋白质一般用酸水解。而酯类则两种水解方式都常用。

这种方法是近些年来随着蛋白质组学的发展而广泛被使用，但是对于蛋白完整序列测定需要较强的生物信息学技术。整体而言， EDMAN降解法准确， 但是耗时长， 而且对于所测定的肽段要求很高， 不能太长， 不能太难修饰等等， 一般能测个20-50碱基不错了。而质谱法方法快速，但是准确性比EDMAN降解法略差。

目前蛋白质组学研究在表达蛋白质组学方面研究的最为广泛，其分析通常有三个步骤：第一步、运用2-DE技术分离样品中的蛋白质；第二步、应用质谱技术或N末端测序鉴定2-DE分离的蛋白质；第三步、应用生物信息学技术存储、处理、比较获得的数据。

所以，有很多生物学问题只能在蛋白质层面上去研究去探索，而且需要站在系统的层面去考察，比如说：蛋白-蛋白相互作用、蛋白的细胞定位、翻译后修饰、信号通路及代谢通路的调控和功能等。

基因组学：通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析，从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。蛋白质组学：通过质谱、免疫印迹等技术鉴定疾病状态下不同样本（如血清、组织等）中蛋白质表达差异，找出与疾病相关的蛋白质标志物。

华测多组学研究中心作为行业先锋，其De Novo测序技术在抗体药物研发中发挥着核心作用。它不仅加速了药物研发进程，还为那些基因组信息有限的新型蛋白质提供了关键的序列信息，推动了生命科学领域的革新。总之，抗体从头测序不仅揭示了生命的微观世界，更在医疗领域打开了新的可能。

测序相关知识总结

对于哺乳动物基因组重测序、外显子测序，我们保证数据质量是Q30的比例高于80%。对于mRNA测序，***RNA测序，我们保证对照Lane的数据质量是Q30的比例高于80%。 一般情况下： 哺乳动物基因组重测序、外显子测序，GC比例在40%左右，Q30的比例是80~95%； RNA-seq，GC比例在50%左右，Q30的比例是~80%。

de novo 测序（从头测序） ：是指在没有任何参考基因组序列时对植物基因组进行测序和组装。 全基因组重测序 ：全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。

Read length 读长：单个测序reads的长度，short-read RNA测序得到的长度通常是50-150 bp。Sensitivity 敏感性：样本中多大比例的转录本会被测到，敏感性越高，这一比例越高。它受样本处理、文库制备、测序和计算偏好性的影响。

平均测序长度大约为250个碱基，准确率较高；（2）可直接测未克隆的DNA片段，不需要酶催化反应；（3）适合测定含有5-甲基腺嘌呤，G+C含量较高的特殊DNA片段以及短链核苷酸的序列。缺点：测序成本高，通量低，速度慢。

是测定人类遗传基因排序（以碱基排序为表现）分四种碱基 A、T、G、C （以A-T 、 G-C组合再连成双螺旋链状）母的遗传基因在受精过程中被随机得分开，而孩子能获得其中一部分（理论上一般占50%左右）。孩子和父母间的基因有许多相似点。

几种推测cdna编码的蛋白质的方法

1、检测OD260 和 OD280，od260/od280的比值在8--0 表示dna比较纯。高于0，RNA污染较多；低于8，表示蛋白质污染多。

2、目前对蛋白N端测序主要分类两大类，其一为非质谱技术，例如经典的Edman降解法、利用反转录RT-PCR得到对应蛋白的cDNA，再来反推得到蛋白序列；其二为质谱技术。

3、以此引物进行逆转录pcr，获得这段dna序列，然后以此为引物在cdna文库中“钓”出该蛋白的编码基因。 （3） 基因组文库法：首先构建某一组织细胞的基因组文库。将该蛋白质的氨基酸序列转译成相应的dna序列，取其中一段到基因库中与其他蛋白质基因对比，找出同源性最小的一段，作为引物。

4、三种。第一个就是转录组或蛋白组数据，第二就是同源基因的数据，第三个就是从头预测。从可信度方面来看，转录组或蛋白的数据注释出来的基因最可信，其次是根据同源基因注释出的基因，最后才是从头预测的基因。转录组出来的最可信，不表示就是100%正确。现下流行的蛋白基因注释流程基。

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