pav生物信息分析-生物信息分析 go

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文章信息一览：

• 1、泛基因组学
• 2、甲型H1N1流感的成因
• 3、PNAS|马铃薯泛基因组分析与进化
• 4、文献解析|Cell-水稻泛基因组揭示“隐藏”的基因组变异

泛基因组学

1、作为现代基因组学研究中的热门话题，泛基因组（pan-genome）指的是一个物种或群体内所有基因的总和，包括生物体内的核心基因研究和非核心基因研究。

2、泛基因组研究思路涉及多方面，包括泛基因组+群体进化研究、泛基因组+群体功能基因定位研究、泛基因组+转录组研究、泛基因组+数据库部署。通过整合群体进化研究、QTL/GWASs、重测序研究、表型调查及代谢组研究，可以为植物遗传学家和育种者提供全面的基因组资源，对作物育种和研究具有重要意义。

3、泛基因组分析内容包括泛基因组特征分析、全面准确的变异检测、新基因鉴定、系统进化分析以及泛基因组进阶分析。泛基因组研究可以揭示核心与可变基因的调控网络，理解基因功能与进化。未来植物泛基因组学发展将关注泛基因组数据存储与可视化、综合基因组学方法和泛基因组跨属研究。

4、泛基因组和图形基因组的研究不仅需要高质量的测序数据和先进的组装技术，还需要综合运用多种生物信息学方法。诺禾致源作为一家在动植物基因组研究领域有着丰富经验的机构，能够提供专业的测序及技术支持，助力科研人员在泛基因组研究领域取得更多突破。

5、泛基因组在遗传学研究和育种中有广泛应用，如关联作图、群体基因组学分析、表观遗传学分析、基因组选择、基因聚合和基因编辑等。图形基因组被证明在番茄中能挽救部分“消失的遗传力”，显示其应用于基因组选择的巨大潜力。泛基因组分析有助于理解物种特征，解析作物表型和农艺性状多样性。

甲型H1N1流感的成因

1、一）传染源 主要为携带H1N1病毒的人或动物，如感染H1N1病毒的人和感染H1N1病毒的动物。（二）传播途径 主要为呼吸道传播，也可通过接触感染的猪或其粪便、周围污染的环境等途径传播。甲型H1N1流感病毒可透过气溶胶、空气飞沫传染、接触传染等。

2、甲型H1N1流感疫情爆发历史 1918年西班牙流感（Spanish Flu），H1N1病毒，首发于1917年的澳大利亚，影响了包括欧洲、北冰洋和太平洋地区等世界很多地方。死亡人数据估计5千万人。H1甲型H1N1流感病毒进化时间表 1***6年美国甲型H1N1流感，1918年的H1N1病毒的变种。死亡25人。

3、其属性为原既往环境中流感病毒的变异新生体，特性是强传染性，潜伏期1－7天，表征与普通流感（注意流感是因传染***毒引起的感冒，不要与中医的风寒风热感冒论相混淆）相近（一般包括发热、咳嗽、咽喉痛、全身疼痛、头痛、寒战和疲劳，一些人还可表现为腹泻和呕吐。

PNAS|马铃薯泛基因组分析与进化

1、核心基因数量随着基因组增加而减少，而泛基因组的多样性则在添加了大量基因组后趋于稳定。此外，研究发现基因内容的增加主要受倍性影响，而驯化和育种也有所贡献，显示出马铃薯基因组在进化中的复杂动态。论文还探讨了地方品种和栽培品种中的PAV选择，以及基因频率变化对植物性状的影响。

2、该研究深入探讨了农业病原菌遗传变异的起源，特别是尖孢镰刀菌，它是全球性土传病害的重要来源，具有广泛的寄主范围。以往认为其无性繁殖和染色体水平转移类似减数分裂重组。然而，通过种群基因组分析，科研人员揭示了尖孢镰刀菌多样性源于基因组尺度的重组，这表明有性繁殖在病原体的进化中扮演了核心角色。

3、年 Chen 等对犬和狼的嗅觉受体基因家族进行分类及测序分析，发现由于驯养导致的生殖隔离，犬和狼中嗅觉受体基因进化的方向不一致，中国乡村犬中嗅觉受体基因序列比较保守。Lindblad-Toh和Erik Axelsson一起对来自世界各地的12条狼，以及代表14个不同品种的60只狗进行了全基因组测序。

文献解析|Cell-水稻泛基因组揭示“隐藏”的基因组变异

1、泛基因组有助于充分挖掘目标物种的遗传变异资源。2020年6月，中国科学院遗传与发育生物学研究所报道了大豆泛基因组和图形基因组。2021年5月28日，四川农业大学的研究团队又在期刊Cell在线发表了首个水稻泛基因组和图形基因组，并通过泛基因组分析揭示了水稻中“隐藏”的基因组变异。

2、Cell期刊上发表的研究论文“Pan-genome ***ysis based on 33 high-quality assemblies provides insights into hidden genomic variations in rice”揭示了水稻基因组中的隐藏变异。

3、特别是，我们利用这一泛基因组数据系统地研究了整套编码基因，揭示了水稻材料之间广泛存在和不存在变异。这种泛基因组资源将进一步促进水稻的进化和功能研究。

4、通过大规模的全基因组关联分析，他们揭示了10个与水稻耐盐（Salt Tolerance， ST）相关的重要基因候选，其中包括两个新颖发现的基因：OsWRKY53和OsMKK2，这两个基因在调控植物应对盐胁迫中发挥关键作用。

5、泛基因组（Pan-genome）研究应运而生，为遗传驯化变异等的研究提供了全面视角，尤其是在作物研究中，如水稻、玉米、大豆、番茄、棉花、油菜、拟南芥等研究中逐渐具有普适性。

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