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蛋白质pulldown-蛋白质pull down

蛋白质工程 3个月前 (06-27) 34

本篇文章给大家分享蛋白质pulldown，以及蛋白质pull down对应的知识点，希望对各位有所帮助。

文章信息一览：

1、研究蛋白质相互作用的意义是什么?如何能够分离到细胞内的多蛋白复合体...
2、DNA与蛋白质相互作用的研究方法有哪些
3、如何确定参与参与蛋白质相互作用的氨基酸序列
4、基因表达调控研究中主要实验技术有哪些
5、怎么查找一个蛋白质的基因组序列

研究蛋白质相互作用的意义是什么?如何能够分离到细胞内的多蛋白复合体...

酵母双杂交系统酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。

Survivin蛋白属于一类防止细胞自我破坏（即凋亡）的蛋白质。这类蛋白质主要通过抑制凋亡酶（caspases）的作用来阻碍其把细胞送上***的道路。以前一直没有科学家观察到survivin蛋白与凋亡酶之间的相互作用。也有其它迹象表明survivin蛋白扮演着另一个不同的角色——在细胞分裂后帮助把细胞拉开。

（图片来源网络，侵删）

蛋白质也能被分解为人体的生命活动提供能量。蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。

这个进展对于我们理解健康和疾病的细胞组成结构以及对药物、农业生物技术有重要意义。确实蛋白质组学业已在大范围应用中产生了重要发现。这篇文章综述了蛋白质组研究中的新概念、革新技术以及生物应用。概念：结构对量化调节蛋白质组学蛋白质组学的最终目标不仅仅是将健康和疾病状态下细胞表达的蛋白质分类。

DNA与蛋白质相互作用的研究方法有哪些

甲基化干扰实验（Methylation interference assay）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的实验方法，其原理是DMS能够使DNA分子中***的鸟嘌呤（G）残基甲基化，而六氢吡啶又能对甲基化的G残基作特异性的化学切割。

（图片来源网络，侵删）

DNase Ⅰ足迹试验，蛋白结合在DNA片段上，能保护结合部位不被DNase破坏，这样，蛋白质在DNA片段上留下了“足迹”，在电泳凝胶的放射性自显影图片上，相应于蛋白质结合的部位没有放射性标记条带，出现一个空白区域。优点：是一种测定DNA结合蛋白在DNA上的准确结合位点的技术。

具体选用什么方法还要看你用什么实验模型。以我所想到的，以体外做细胞培养比较合适。EMSA（即PRP提到的 gel mobility shift）是比较合适的方法。但EMSA只是测定蛋白与DNA的BIND 能力强弱。楼主的题目和提问的主体似乎有些不相符合。

GST Pull-down：目标蛋白的捕获与验证通过 GST （Glutathione S-transferase）诱饵蛋白，精准捕获并验证目标蛋白间的互动，揭示生物学中的动态相互作用。足印法：DNA-蛋白质结合的深度解析足印法揭示了DNA与蛋白质的精确结合位置，是理解基因调控机制的重要工具。

甲基化干扰实验（Methylation interference assay）是根据DMS（硫酸二甲酯）能够使DNA分子中***的鸟嘌呤（G）残基甲基化，而六氢吡啶又会对甲基化的G残基作特异性的化学切割这一原理设计的另一种研究蛋白质同DNA相互作用的实验方法。

如何确定参与参与蛋白质相互作用的氨基酸序列

由此可以确定互作的序列存在于哪个domain，而哪个domain并不参与互作。消化。截短的方法已经可以帮我们很大程度上缩小目标范围了。然后我们可以尝试一下把这个domain用蛋白酶消化，我们可以随机消化或者定向消化成一定大小的肽段。利用亲和层析的方法，可以帮助我们从中找出与蛋白A互作的肽段。

不参与。因为终止密码子不能编码任何氨基酸，也没有任何反密码子与之对应，所以在翻译时，如遇到终止密码子，就结束翻译。也就是说，终止密码子不参与蛋白质氨基酸序列的编码过程，但会参与翻译过程。

参与蛋白质的合成的核酸有MRNA、RRNA和TRNA ①MRNA是指导蛋白质合成的模板，mRNA携带来自DNA的遗传信息，其开放阅读框的密码子系列直接编码蛋白质多肽链的一级结构。②TRNA既是氨基酸的转运工具又是读码器。

经典之作：Edman降解Edman降解，如同精密的解码器，通过逐个去除蛋白质或肽链末端的氨基酸，留下一串密码般的序列。尽管这种方法对于短肽链分析效果显著，但在面对长链时，效率下降可能影响结果的精准度，但其简洁的原理仍是研究者珍视的基石。

由mRNA决定，因为mRNA上带有密码子，实际上氨基酸的顺序是由密码子决定的，并不是DNA和mRNA，但是mRNA上带有密码子，所以也可以说是由mRNA决定。

通过Domain相互作用来预测蛋白质相互作用 Domain是蛋白质最小的功能单元，它们之间的相互作用一定程度上就决定了蛋白质之间的相互作用。按照这个方法将所有的氨基酸序列进行聚类，如果类与类之间的相互作用的序列对的个数超过了一定阈值，则表示与两个类的代表序列同源的蛋白质之间都可能会发生相互作用。

基因表达调控研究中主要实验技术有哪些

基因表达调控主要实验技术有：ChIP、RIP、RNA pull-down、EMSA、Luciferase ChIP实验通过与染色质片段共沉淀和PCR技术，在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段。

差异基因表达的研究受到了广泛的关注，常用的技术有DD-PCR；GENE-FISHING；GENE CHIP等。简单介绍如下：DDRT—PCR技术即mRNA差异显示聚合酶链式反应技术，此技术是以PCR技术和聚丙烯凝胶电泳技术为基础，结合银染或放射性自显影等显色技术，能快速有效地鉴定并克隆两个或多个平行材料之间的差异表达基因。

足印法揭示了DNA与蛋白质的精确结合位置，是理解基因调控机制的重要工具。 ChIP技术：动态蛋白质-DNA关系的深入研究 ChIP （Chromatin Immunoprecipitation）技术揭示了组蛋白修饰和基因表达之间的紧密关联，揭示基因调控的复杂网络。